インボイス制度とフリーランスエンジニアの単価｜2026年10月の改正と4つの判断

2026年10月から、インボイス制度の経過措置が変わりました。発注側が免税事業者からの課税仕入れについて控除できる割合が80%から70%へ下がり、登録していないフリーランスの単価交渉の前提が変わったことになります。ただし、登録すれば必ず得というわけではなく、取引先の性質と納税の負担を比べる判断が必要です。

単価の全体像はフリーランスエンジニアの単価相場で確認できます。この記事はインボイス制度が単価に与える影響を整理するもので、登録の可否や納税額の個別の判断は扱いません。具体的な判断は税理士か税務署に確認してください。

控除割合は段階的に下がる

結論として、発注側が免税事業者に支払う消費税分のうち、控除できる割合は次のように変わります。

この表は国税庁の令和8年度税制改正の資料に基づきます。改正前は2026年10月から50%に下がる予定でしたが、改正で経過措置が延長され、下がり方が緩やかになりました。

発注側から見ると、控除できない分は実質的な負担増です。割合が下がるたびに、登録していない人と取引する負担が増えていくことになります。そのため、今回の変更だけでなく、2028年と2030年にも、価格交渉の話が出る可能性があります。

ただし、発注側がすべて同じ影響を受けるわけではありません。消費税の納税額を簡易課税で計算している事業者や、免税事業者の発注者は、影響の受け方が違います。エンジニアの案件の発注者は企業が多いので、影響を受ける発注者が多いと考えられますが、具体的な扱いは発注者によります。

個人事業者の負担軽減の措置も変わる

次に、登録したフリーランス側の負担です。免税事業者が登録して課税事業者になった場合の負担軽減の措置も、変更されています。

この特例は、免税事業者が登録したことで課税事業者となった課税期間に限られるなど、要件があります。さらに、前の年までの売上の状況によっては対象にならない場合があります。

簡易課税を使う場合は、業種ごとのみなし仕入率で計算します。第5種事業のみなし仕入率は50%です。ソフトウェアの受託開発や保守はサービス系の事業として第5種に当たることが多いと考えられますが、個別の区分は税務署か税理士に確認してください。特例を適用した翌課税期間には、申告期限までに届出を出すことで簡易課税へ移れる措置が設けられています。

実際の計算に必要な前提は人によって異なります。経費の消費税を多く支払っているなら本則課税のほうが有利な場合もあります。ここでは、数年の間に負担の仕組みが変わるという点を押さえておいてください。

売上の規模で判断の前提が変わる

登録するかどうかの判断は、そもそも自分が免税事業者でいられるかどうかで前提が変わります。基準期間の課税売上高が1,000万円以下であれば、原則として消費税の納税義務は免除されます。個人事業者の基準期間は前々年です。

基準との距離は、自分の月単価から計算できます。計算例として、仮に月単価を80万円とすると12か月で960万円、90万円なら1,080万円です。どちらも市場の平均ではなく説明のための数字ですが、月単価と稼働月数によって基準に近づいたり超えたりすることが分かります。つまり、基準に近い売上で通年稼働するエンジニアは、登録の有無にかかわらず課税事業者になる可能性があるわけです。単価を高く取っている人にとっては、インボイスの登録は判断の余地がないこともあります。

この表は考える順序を示すもので、結論を示すものではありません。特に、副業の場合や法人を設立する場合は、前提が異なるので税理士に確認してください。

単価が「税別」か「税込」かを確かめる

見落としやすいのが、提示された単価が税別か税込かです。同じ金額の単価でも、税別なら消費税分を上乗せして請求でき、税込なら消費税分が単価の中に含まれます。インボイスの議論の前に、まず契約の金額の定義を確かめます。

具体的には、契約書、発注書、エージェントとの条件の書面で、「消費税別」「税込」の記載を確認します。記載がない場合は、質問して書面に残します。多くの公開案件は税の扱いを明示していないことがあるので、面談で確認すると安心です。

エージェントを利用している場合は、登録の有無によってエージェントからの支払い条件が変わることがあります。登録しない場合に消費税分がどう扱われるか、条件が変わる時期はいつかを確認してください（フリーランスエージェントのマージン率、準委任と請負の違いと手取り）。

また、消費税は預かったお金ではなく、自分の売上の一部として手元に入るものの、納税の時期に出ていきます。会計上は扱いが分かれますが、資金繰りでは「使ってはいけないお金」として別に管理すると安全です（フリーランスの支払いサイトと資金繰り）。

値下げの要請を受けたときの考え方

取引先からインボイスを理由に価格の見直しを提案されることがあります。結論として、根拠の説明を求め、書面で確認し、双方の協議で決めることが基本です。

理由は、条件の見直しは本来、双方が納得して決めるものだからです。公的機関は、免税事業者との取引において、一方的に価格を引き下げるなどの行為が、独占禁止法や下請に関する法令上の問題となるおそれがあると注意を促しています。ただし、具体的な行為が問題となるかどうかは事情によるので、個別の判断は専門家に確認してください。

実務での対応は次のとおりです。

1. 見直しの根拠（控除できない分の計算）を確認する
2. 影響する額を自分でも計算する
3. 登録する場合と、しない場合で条件がどう変わるかを聞く
4. 合意した内容を書面やメールで残す
5. 納得できない場合は、他の案件の条件も確認する

具体例として、控除割合が下がることで発注側の負担が増えるのは、消費税額のうち控除できなくなった部分です。「単価全体の数割」のような大きな値下げは、この根拠だけでは説明がつきません。計算の根拠を尋ねると、交渉の余地が見えてきます。交渉の進め方はフリーランスの単価交渉と更新を参照してください。

逆に、自分が登録して消費税分を受け取れる状態なら、それを材料に、これまでの単価と消費税の扱いを整理し直す交渉ができることもあります。

登録を考えるときの判断の順番

自分の状況を整理するには、次の順に考えます。

1. 直近2年の売上と、今年の見込みを確認する
2. 課税事業者に該当するかどうかを確かめる
3. 主な取引先が企業か個人か、登録を求めているかを確かめる
4. 登録した場合の納税額の見込みを、利用できる措置ごとに計算する
5. 登録しなかった場合に、失う可能性のある案件や単価の変化を見積もる
6. 税理士に相談し、登録の時期と申告の方法を決める

順序に意味があります。納税額だけを見て登録をためらうと、案件を失った場合の影響を見落とします。逆に、周りが登録しているからと決めると、取引先が気にしていない場合でも不要な事務が増えることがあります。

登録すると事務の負担も増えます。適格請求書の発行、消費税の申告、帳簿の管理が必要になります。会計ソフトや税理士の費用も、経費として計算に入れてください。

会社員の副業の場合

本業が会社員で、副業として業務委託を受けている人にとっても、インボイスは無関係ではありません。少額の案件でも、発注者が企業の場合は登録を問われることがあります。

ただし、副業の売上が小さい場合は、登録の負担が相対的に大きくなります。登録すると、副業の売上についても消費税の申告が必要になります。そのため、副業の売上の見込みと、その取引先との関係を踏まえて判断します。登録せずに取引を続けられるかを、先に取引先に確認してください（エンジニアの副業）。

注意点として、副業の確定申告と消費税の申告は別のものです。登録したら本業の給与以外の事業の分について、消費税の申告が必要です。個別の計算は税理士に確認してください。

正社員と比べるときの影響

フリーランスと正社員を比べるときに、消費税の扱いも計算に入れます。単価が同じでも、税別で受け取って納税する場合と、免税の場合とで、手元に残る額が変わるからです。

さらに、登録の負担と発注側の値下げ要請のリスクを織り込むと、これまでの比較の前提が少し変わります。独立を考えている人はエンジニアがフリーランスになるのは実務何年目からとフリーランスと正社員の比較で全体の比較を確認してください。

単価に対するインパクトは、消費税だけではありません。社会保険や経費、稼働率のほうが大きいことも多いので、インボイスだけで働き方を決めるのは適切ではありません。あくまで、比較の項目の1つとして扱います。

この記事の数字が当てはまらないケース

控除の割合と特例の内容は、国税庁の資料（令和8年9月時点）に基づいています。将来の税制改正で変わる可能性があります。また、改正の詳細には細かな要件があり、この記事はすべてを網羅していません。

月単価と基準の額の関係は計算例で、個人の売上は稼働と案件によって変わります。この記事は一般的な制度の説明で、登録や納税に関する個別の助言ではありません。具体的な判断は税理士か税務署に確認してください。

最終チェック

• 直近2年の売上と、基準期間の課税売上高を確認した
• 契約の単価が税別か税込かを確認した
• 主な取引先が登録を求めているかを確認した
• 登録する場合としない場合の差を計算した
• 2028年と2030年の控除割合の変更を予定に入れた
• 判断と申告の方法について税理士に相談した

インボイス制度の変更は、今回で終わりではありません。控除割合が下がる時期を先に把握して、取引先との条件を早めに整理しておくと、単価の交渉で慌てずに済みます。